Основное направление религиозной организации – духовная образовательная организация высшего образования «Оренбургская духовная семинария Оренбургской Епархии Русской Православной Церкви» - осуществление образовательной деятельности, которая направлена на подготовку служителей и религиозного персонала Русской Православной Церкви посредством реализации соответствующих образовательных программ, а также образовательных программ высшего образования по направлениям подготовки (специальностям) в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами.

С целью совершенствования основной и других видов деятельности Оренбургская духовная семинария осуществляет сотрудничество с образовательными учреждениями города Оренбурга и Оренбургской области, а также с образовательными учреждениями других областей РФ. Основные направления сотрудничества:

1) со стороны образовательных учреждений:

- обеспечение научно-методической, консультативной поддержки в ходе реализации основной образовательной программы;

- проведение курсов повышения квалификации для преподавателей семинарии;

- оказание помощи в подготовке и проведении научных, образовательных и культурно-просветительских мероприятий;

- предоставление площадок для проведения различных видов практик;

2) со стороны семинарии:

- обеспечение научно-методического сопровождения преподавания курсов духовно-нравственной направленности в государственных и муниципальных общеобразовательных учреждениях Оренбургской области;

- организация повышения квалификации педагогических работников государственных и муниципальных общеобразовательных учреждений в области преподавания курсов духовно-нравственной направленности;

- участие в организации и проведении научно-практических и просветительских конференций, семинаров, образовательных конкурсов, олимпиад и других мероприятий для школьников и педагогических работников Оренбургской области в целях приобщения участников образовательного процесса к традициям и ценностям православной культуры как важнейшей составляющей российской и мировой культуры.

Сотрудничество Оренбургской духовной семинарии с образовательными учреждениями осуществляется на добровольной основе и на взаимовыгодных условиях.

На данный момент заключены договоры с ведущими  учебными учреждениями г. Оренбурга:

- Договор о сотрудничестве №10 от 1 декабря 2015 г. с Религиозной организацией -  духовной образовательной организацией высшего духовного образования "Саратовской духовной семинарией Саратовской Епархией Русской Православной Церкви";

- Договор о сотрудничестве №5 от 6 ноября 2015 г. с Федеральным государственным бюджетным образовательным учреждением высшего образования "Оренбургским государственным педагогическим университетом";

- Договор о сотрудничестве №342/52 от 9 ноября 2015 г. с Федеральным государственным бюджетным образовательным учреждением высшего профессионального образования "Оренбургским государственным университетом";

- Договор о сотрудничестве №5 от 17 ноября 2015 г. с Федеральным государственным автономным профессиональным образовательным учреждением "Оренбургским колледжом экономики и информатики";

- Договор о сотрудничестве №7 от 24 ноября 2015 г. с Федеральным государственным казенным общеобразовательным учреждением "Оренбургское президентским кадетским училищем";

- Договор о сотрудничестве №8 от 24 ноября 2015 г. с Оренбургским институтом (филиалом) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования "Московским государственным юридическим университетом имени О.Е. Кутафина ;

- Договор о сотрудничестве №9 от 24 ноября 2015 г. с Негосударственным образовательным учреждением высшего образования Московским технологическим институтом;

- Договор о сотрудничестве №11 от 3 ноября 2015 г. с Религиозной организацией -  духовной образовательной организацией высшего духовного образования "Самарской духовной семинарией Самарской и Сызранской Епархией Русской Православной Церкви";

- Договор о сотрудничестве от 5 февраля 2016 г. с Федеральным государственным бюджетным образовательным учреждением высшего образования "Оренбургским государственным аграрным университетом".