Начало библиотеке семинарии было положено в 1884 году кафедральным протоиереем города Казани Виктором Вишневским вкладом в 346 книг. Второе пожертвование в том же году было от ректора Казанской Духовной Академии протоиерея Александра Владимирского в виде издания «Православного Собеседника» со всеми приложениями от первого года издания. Большой вклад в библиотеку сделал профессор Санкт-Петербургской Духовной Академии Иван Егорович Троицкий. Были и другие пожертвования: от Его Превосходительства господина директора Оренбургского Неплюевского кадетского корпуса поступило 150 книг на татарском языке.

В 1894 году библиотека имела уже 2491 наименование книг, 3343 тома и 2088 томов периодических изданий. Были в фонде и противораскольничьи книги, книги о мусульманстве, национальная тюркоязычная литература, с которой знакомились для миссионерских целей «среди иноверцев края». Для этого в фонд приобретались сочинения не только по языковедению, но и по истории ислама, этнографии, истории христианской миссии.

Основными источниками комплектования библиотеки служили Синодальная типография, книжные магазины Москвы, Петербурга, Казани, Оренбурга. В 1912 – 1913 учебном году совокупный фонд библиотеки семинарии включал 17198 экземпляров.

Библиотека семинарии содействовала учебному процессу в подготовке священнослужителей для работы с полиэтническим и поликонфессиональным населением региона. Христианизация нерусских и неправославных народов в регионе являлась важным критерием комплектования фонда библиотеки. В книжном собрании была представлена литература, направленная на утверждение ценностей православия, воспитания истинного христианина.

Средства на содержание библиотеки были частично казенные, частично епархиальные. На пожертвования учеников и случайные средства с 1884 года была заведена ученическая библиотека. На ее содержание отпускалось от духовенства Оренбургской епархии по 100 рублей ежегодно. Для приобретения учебников ученики делали взносы по 5 рублей с человека за каждый учебный год.

Страшная история XX века не прошла и мимо Оренбургской духовной семинарии. Библиотека была попросту разграблена под видом «Сохранения ее дорогостоящих фондов». Здание самой Семинарии почти на сто лет переходит в  пользование военному ведомству.

Новейший период в истории семинарии начинается с ее официального открытия в 2009 году.  Историю возрождения библиотеки можно отнести к сентябрю 2009 года, когда в возрождающуюся семинарию было переданы книги из личной библиотеки Владыки Леонтия.

Свой вклад в библиотеку внес и Владыка Валентин, епископ Алексий (на тот момент ректор Антипов Леонид), ротодиакон Мощенко о. Владимир.

Библиотеке семинарии были переданы в дар книги из Епархиальной библиотеки Оренбурга, учебные пособия из поселка Саракташ и Московской духовной академии. Многочисленны пожертвования простых горожан Оренбурга.

В настоящее время библиотека Оренбургской духовной семинарии является самой крупной библиотекой духовной литературы в области. Она насчитывает  14190 единиц хранения. Из них:

— учебной литературы – 1741 экземпляров,

— дополнительной литературы — 10277 экземпляров,

— богослужебной литературы – 682 экземпляров,

— справочно-библиографической – 360 экземпляров.

— периодических изданий (газеты и журналы) — 2792 экземпляра.

— раритетной литературы (литература, вышедшая в свет до 1917 года) – около 1000 экземпляров.

Фонд редких книг – это гордость библиотеки Семинарии. Каждая книга здесь несет печать истории. Одной из самых древних книг является Псалтирь 1646 года.

В семинарской  библиотеке немало книг с автографами, дарственными надписями и пометками церковных деятелей — архиереев и простых священников. Каждая из этих книг является библиографической редкостью, ценность которых с каждым годом только увеличивается.