Отделение заочного обучения и дополнительного образования образовано в 2022 году решением Ученого совета об объединении Сектора заочного обучения и Центра дополнительного образования.
Сектор заочного обучения Оренбургской духовной семинарии начал свою деятельность в 2011 г. по благословению митрополита Оренбургского и Саракташского Валентина. Сектор заочного обучения был организован для тех представителей приходского духовенства, которые по каким-либо причинам не имели духовного образования вообще или оно было незаконченным. На заочном секторе обучались священнослужители епархий Оренбургской митрополии, а также клирики некоторых других близлежащих епархий, состоящие на приходском служении и имеющие благословение правящего архиерея.
Центр Дополнительного образования Оренбургской духовной семинарии начал свою деятельность в 2015 г. С 2020 года Центр Дополнительного образования Оренбургской духовной семинарии осуществлял набор по церковно-образовательному стандарту подготовки церковных специалистов по единому учебному плану подготовки церковных специалистов.
Программа курсов рассчитана на 3 года обучения. Форма обучения – очно-заочная (вечерняя).
На сегодняшний день Отделение заочного обучения и дополнительного образования является структурным подразделением «Религиозной организации – духовной образовательной организации высшего образования «Оренбургская духовная семинария Оренбургской Епархии Русской Православной Церкви».
Отделение осуществляет подготовку обучающихся по основным образовательным программам высшего образования в соответствии с церковным образовательным стандартом, а также обучение по дополнительным профессиональным программам (программам повышения квалификации и программам профессиональной переподготовки).