Оренбургская духовная семинария заключила договоры с учебными учреждениями Учебного комитета Русской Православной Церкви и Министерства науки и высшего образования Российской Федерации:
Религиозная организация — духовная образовательная организация высшего образования Русской Православной Церкви «Общецерковная аспирантура и докторантура им. святых равноапостольных Кирилла и Мефодия» (г. Москва) (договор от 13 сентября 2022 года).
Православная религиозная организация Русской Православной Церкви (Московский Патриархат) Синодальная библиотека Московского Патриархата имени Святейшего Патриарха Алексия II (г. Москва) (договор от 1 июня 2022 года)
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Оренбургский государственный университет» (г. Оренбург) (договор от 26 февраля 2025 года)
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Оренбургский государственный педагогический университет» (г. Оренбург) (договор от 31 марта 2022 года)
Религиозная организация – духовная образовательная организация высшего образования «Казанская православная духовная семинария Казанской епархии Русской Православной Церкви» (г. Казань) (договор от 21 сентября 2023 года)
Религиозная организация — духовная образовательная организация высшего образования «Самарская духовная семинария Самарской Епархии Русской Православной Церкви» (г. Самара) (договор от 31 января 2022 года)
Религиозная организация — духовная образовательная организация высшего образования «Саратовская православная духовная семинария Саратовской Епархии Русской Православной Церкви» (г. Саратов) (договор от 24 января 2022 года)
Учреждение образования «Алматинская Православная Духовная Семинария» РРО «Астанайская и Алматинская Епархия Православной Церкви Казахстана» (г. Алматы, Республика Казахстан) (договор от 22 ноября 2024 года)